习惯的说法是on the bus。
习惯不是完全有道理的，但可能也不是全无道理.如果你在乘公交车时有人给你打电话,你应该也是说“我现在在车上”，而不是“我现在在车里”吧？英文完全一样：I'm on the bus。而不是I'm in the bus。
究其原因,我们说这话时,重要的不是说清我们的空间位置（从空间位置说我们确实是in the bus）,而是要说清我们是搭乘在一个交通工具上。
照理说,说到自己的包的时候，关注的重点确实是它的位置。但受习惯的影响,还是说成on the bus了。别人也不会理解成你是把它放在巴士的顶上了。
准确来说on the train是固定搭配,表示人“坐火车”的意思。
如I am on the train now.我正在坐火车。
in the train是在火车上，I am in the train不一定是坐火车,比如我是警察，上去火车上做贼,贼完贼就下来了。我同事问我你现在在哪,我可以回答i am in the train (for catching the thief)，我在车上将要抓贼
还有my bag is still in the train。表示我的包包还留在火车上。