马克思主义哲学的核心思想是对立统一思想。对立统一论（即矛盾论或称阴阳论），是马克思主义哲学的精华，也是中国古典哲学思想的精华。马克思的最大贡献,综观其著作，应该在他发展了前人（如黑格尔等人）的对立统一观。可惜的是，他应用对立统一观来解释社会并不那么成功。也是他那个时代的知识局限,这是不可避免的。
　　现在我们发现：用对立统一观解释很多简单的自然现象或社会现象有其成功的一面，适合解释有直接因果关系的事物或者比较低阶低维的事物，它解答甲与乙的作用与反作用问题，适合解释“二元”事物，即只有两个子系统组成的事物。而对于由多要素络合的复杂系统的解释往往显得有些牵强附会，苍白无力。
　　大量的事实和实例表明，客观世界的事物,更多的情况下首先是表现为由许多个子系统组成的复杂系统，是一种群集相互作用状态.这些子系统间的相互作用才推动了事物的变化发展,而并非只是由其中某两个子系统间的“对立统一”来推动事物的发展。比如社会系统,就是一个复杂的系统，它由很多子系统组成.至少就有经济、政治、文化三个子系统，研究的侧重点不同子系统的分法也不同。很多社会现象决非马克思主义哲学家用生产力与生产关系的对立统一就能够解释清楚的。再者,全世界也有丰富多彩的以国家为单体的不同的社会类型、社会系统,它们并不完全一样，这不仅仅是发展先后的问题。并且，这些不同的社会系统之间也有相互作用。
　　哲学是世界观，又是方法论.我们既要“对立统一观”也要“系统观”。当我们穷究事物的二个元素间的终极因果关系的时候,需要“对立统一观”，需要把握事物全局的时候，需要“系统观”。我们既要看到树木，也要看到森林。只有这样，才能全面正确地认识客观世界的事物。
　　我根本不否认对立统一规律,我认为系统论是建立在对立统一论基础之上的,是人们正确认识世界的深入和发展。对立统一论与系统论之间并没有矛盾，也不是并排的理论,对立统一论是系统论的根基。系统要素间的关系就是对立统一的关系。
　　系统科学可以从马克思主义哲学的“普遍联系”衔接过来,但是,系统科学的出现和发展却是人类社会科学发展的一道分水岭。系统科学还使社会科学与自然科学更紧密地联结在一起。