《午夜蝴蝶》的结局是：韩雨菲被林会长绑架之后，萧副官和路林会长对峙之后，绑架韩雨菲的庞三自杀了。林会长最后还是得到了应有的惩罚，韩雨菲父亲的冤屈被洗清了。最后，韩雨菲和林建平在一起了，萧副官去了延安革命根据地送物资。

韩雨霏失踪了，萧副官去找林会长要人，然而他却被林会长的手下打晕了。萧副官醒来后找林会长对峙，但林会长否认自己绑架了韩雨霏。其实林会长私下派庞三软禁了韩雨霏，庞三知道自己斗不过林会长，于是自尽了。

林会长将韩雨霏带回自己家后，承认了自己的所犯下的罪行，就在他向韩雨霏伸出魔爪的时候，林建平及时出现了。林建平看到韩雨霏衣冠不整的样子，就猜到父亲对韩雨霏做了不好的事情。林会长知道自己在本地待不下去了，政府一定会让他做替罪羊，于是带着妻儿前往火车站逃难。

就在林会长进站的时候，萧副官带着韩雨霏拦下了林会长一家。天网恢恢疏而不漏，林会长知道自己难逃罪责，他早就做好了被捕的准备。但是他并不想承受歹意的谴责和蒸发的痛苦，当场拔枪自杀。

韩雨菲含冤而死的父亲洗刷了冤屈，她也在林建平的帮助下走出了阴影后，迅速和林建平建立了恋爱关系。这对两人经历了许多凶险的波折后，终于携手相伴。萧副官决定将收缴的抗日钱款运送到延安革命根据地。