四川南明抗清斗争失败的三大原因包括：张献忠政权和摇黄十三家的残酷破坏、南明军力过于分散，以及满洲八旗军和汉军八旗的军事威胁。这些因素共同作用，导致了抗清斗争最终的失败。在明清易代时期，四川南明抗清斗争持续了十三年之久，最终以失败告终。

1.第一大原因：张献忠政权和摇黄十三家的残酷破坏

张献忠和摇黄十三家的反明战争对四川地区造成了严重破坏。虽然“张献忠屠川”并没有真实发生，但张献忠的统治方式以及他手下的部队在蜀地造成了严重暴行。人民遭受了杀戮、掳掠和城市被摧毁的惨剧，导致地方人民不得不立寨自保，形成了坞堡化的局面。这一时期的暴行和破坏影响了四川南明抗清势力的恢复和壮大。

2.第二大原因：四川南明军力过于分散

各路南明军势力在人数上相对较小，无法集结足够强大的部队来对抗清军。例如，“三谭”部队的总兵力约为一万五千到两万人，这在当时并不算多。各路抗清军阀如杨展、王祥等也存在相似问题。这种分散的力量无法在短时间内集结起来，难以形成有力的统一军事力量，因此难以对抗清军发起沉重打击。

3.第三大原因：满洲八旗军和汉军八旗的军事威胁

满洲八旗军和汉军八旗以及吴三桂领导的汉族亲王军对四川南明军构成了巨大的军事威胁。满洲八旗军入川时，他们的规模庞大，如清肃亲王豪格率领的满汉大军。他们对南明军造成直接的军事压力，还对当地百姓进行了镇压和掳掠。汉军八旗和吴三桂军队也参与了清军的行动，加剧了南明抗清势力的困境。