康熙帝在平定三藩之后，面对吴三桂的反叛余孽，采取了一系列有序而明智的处理措施，尤其在军事部署上做出了重要调整，以巩固清朝的统治地位。

1.他对地方镇将进行了规范。在过去，地方镇将往往不曾前往京城朝觐，这在一定程度上给了地方势力自由发展的空间。康熙帝上位后，他鼓励各省督抚、提督、总兵定期朝觐京师，以维持各地对中央的敬畏，避免地方势力的过度膨胀，防止出现反叛。这一举措展现了康熙帝对政治稳定的追求和对权力的控制。

2.康熙帝对军队进行了重新编制。在平定三藩之后，他废除了原有的藩兵制度，实行了军队的统一编制，将原先藩地上的军队纳入中央隶属，加强了对军队的集中控制。同时，他对一些叛变的将领及其部队进行了分别处置，进一步巩固了军队的稳定性。

3.在边疆地区和地方重镇，康熙帝增设了八旗与绿营的驻防。撤销了平南、靖南二藩，并在广州、福州等地设立八旗军，加强了这些地方的军事力量。在江南、西安、汉中等地，也相继设立了八旗与绿营的驻防，以加强对重要地区的控制，预防地方势力的反叛。

康熙帝的这些军事部署和调整，使得清政府更加强大和稳固。在他的领导下，清朝进一步集中了中央权力，解决了藩镇带来的政治问题。他没有简单地削弱地方势力，而是采取了一定的分权与集权相结合的策略。这种灵活而明智的政策，使得清朝在政治上更趋于稳定，社会秩序更加有序。

康熙帝在云南等地作出了多方面的军事部署，以巩固清朝的统治地位。他的领导下，清政府变得更加有序、稳健，为后来的盛世打下了坚实的基础。