食性不同，蜜蜂和马蜂的食性截然不同，其中蜜蜂是典型的素食性昆虫，几乎完全以植物的花粉和花蜜为食，在外界蜜源丰富时蜜蜂还能将花蜜酿制成蜂蜜并存储在蜂巢中，而马蜂则是典型的杂食性昆虫，主要以蛾、蝶等鳞翅目昆虫及植物的花蜜、果实等为食。巢质不同，蜜蜂和马蜂的筑巢材料不同，其中蜜蜂是用蜂群中适龄工蜂蜡腺分泌的蜂蜡来修筑蜂巢，整个蜂巢由单张或数张垂直于地面且相对平行的巢脾构成，而马蜂则是用类似纸浆状的材料筑巢，这些纸浆状材料是工蜂咀嚼干燥植物并混以分泌物加工而成的。

外观上不同，蜜蜂和马蜂的外观区别明显，其中蜜蜂体型上偏短和圆，全身被黄褐色或黑褐色绒毛，腰部不明显，腹部近椭圆形并有环状色带，而马蜂体型上偏细和长，体色多为黑、黄、棕色相间或为单一色，腰部相对较为明显，腹部光滑或具大小不同的刻点。

性情不同，蜜蜂和马蜂的性情大有区别，其中蜜蜂的性情相对而言比较温驯，除极少数特殊情况以外一般不轻易发起攻击，而马蜂的性情则要暴躁得多且有强烈的护巢本能，有些种类甚至还有一定的领域意识，任何人或动物胆敢过于靠近蜂巢就可能被群起而攻。毒性不同，蜜蜂和马蜂的毒性完全不同，其中蜜蜂的毒性相对较弱且毒液呈弱酸性，被蜇后只要用弱碱性溶液清洗基本不会有什么问题，而马蜂的毒性较强且毒液呈弱碱性，尤其是被大型马蜂蜇后甚至可能有生命危险，事实上几乎每年都有马蜂蜇人致死的报道。